Без вивчення геному коронавірусу лікування його мутацій — це наче блукати лісом навпомацки

Дуже важливо моніторити виникнення нових різновидів вірусу й поширення вже відомих. Без цієї інформації боротися з пандемією — наче блукати лісом навпомацки.

Саме тому ВООЗ сьогодні рекомендує країнам визначати штам коронавірусу в 5% усіх позитивних зразків на COVID-19. Як ідеться у матеріалі Громадського,  в Україні  за весь час лише кілька сотень зразків були проаналізовані. Та й ті переважно за кордоном.

ПЛР-тести, але незвичайні...

Як розповіла hromadske Ірина Демчишина, завідувачка референс-лабораторії вірусологічних досліджень Центру громадського здоров’я, є два основні підходи до визначення штамів коронавірусу.

Перший — за допомогою ПЛР-тесту, дуже схожого на той, який використовується для діагностики коронавірусної інфекції. Але він налаштований «впізнавати» лише ті віруси, які мають мутацію під назвою N501Y.

Такі тести виробляються в Німеччині, а ВООЗ надає їх безоплатно різним країнам. Центр громадського здоров’я сподівається отримати від ВООЗ 36 тисяч тестів на поточний рік. Це дозволить проводити 4 тисячі тестувань на місяць — від квітня й до кінця року.

Але такі тест-системи мають очевидну ваду: вони «налаштовані» на віруси з певною мутацією, проте не здатні вирізнити інші мутації, які вже є або ще можуть з’явитися. 

Для нових, звісно, теж можна створити тест-системи, але це потребуватиме часу. Але головна проблема — для цього потрібно знати, що така мутація вже з’явилася, і дослідити її.

...або секвенування

Ці хиби відсутні в іншому методі — секвенуванні геному. 

«Sequence» з англійської перекладається як «послідовність». Метод передбачає «прочитання» усієї послідовності «літер» — тобто нуклеотидних основ, із яких складається геном вірусу. Це дозволяє побачити будь-які відмінності конкретного вірусу від його «родичів» і знайти його місце на «родовому дереві» SARS-CoV-2.

Це дуже інформативний, але відносно складний і дорогий метод. За словами Біжана Шаропова, наукового співробітника Інституту фізіології ім. О. О. Богомольця НАН України, вартість секвенування одного геному починається від кількох сотень доларів.

Щоб здійснити секвенування геному вірусу, потрібен спеціальний прилад — секвенатор (вартістю кількасот тисяч доларів), реактиви, спеціально навчений персонал та комп’ютерні програми, які опрацьовують отримані дані.

Наші аналізи за кордоном

У Центрі громадського здоров’я необхідного обладнання немає, тому донині зібрані в Україні зразки надсилають для аналізу за кордон. Минулого року було лише 50 зразків, але тоді вірус ще був більш-менш генетично однорідним, тож питання небезпечних штамів не поставало так гостро, як зараз.

В січні цього року з України відправили на секвенування до німецької клініки «Шаріте» 200 зразків. Із них ЦГЗ наразі отримав результати щодо 48-ми.

«Серед того, що опрацьовано, немає найбільш епідемічно значущих варіантів коронавірусу: британського, південноафриканського та бразильського штамів», — каже Ірина Демчишина.

У лютому ЦГЗ підготував ще 338 зразків, зібраних із усіх регіонів України. Їх надішлють для аналізу до лабораторії Інституту громадського здоров’я в Лондоні. Ірина Демчишина наголошує, що сьогодні всі подібні лабораторії завантажені роботою, тому чекати на результати доводиться досить довго.

Надії на США

Очевидно, що найкращим варіантом було б проводити такі аналізи в Україні, а потім, як це роблять інші країни, долучати їхні результати до міжнародної бази.

За словами Біжана Шаропова, в нашій країні є кількадесят сучасних секвенаторів. Всі вони задіяні в різних проєктах — переважно комерційних та не пов’язаних із дослідженнями вірусів. Але теоретично їх можна було б задіяти для секвенування геномів коронавірусу на комерційних засадах.

Щоб мати можливість робити це безкоштовно, ЦГЗ веде перемовини з Центрами з контролю та профілактики захворювань у США (CDC), аби отримати секвенатор із усім необхідним обладнанням та реактивами. Він працюватиме в лабораторії ЦГЗ після того, як персонал пройде відповідні тренінги. Ірина Демчишина сподівається, що це станеться цього року.

Вітчизняна тест-система 

Минулого тижня ЦГЗ повідомив про те, що Інститут епідеміології та інфекційних хвороб ім. Л. В. Громашевського виявив британський штам коронавірусу у двох зразках із Івано-Франківської області.

Як пояснила hromadske професорка відділення респіраторних та інших вірусних інфекцій Інституту епідеміології Алла Мироненко, 20 зразків, серед яких були виявлені ці штами, були просеквеновані за кошти та на обладнанні однієї з вітчизняних фармкомпаній. Сталося це в межах клінічного дослідження вітчизняної тест-системи для визначення нових штамів коронавірусу. 

У межах цього проєкту, ймовірно, буде досліджено ще кілька десятків зразків. Але про систематичні дослідження геному коронавірусу поки не йдеться.

Нагадаємо в Україні країні вакцинація розпочалася 24 лютого. Для повної імунізації людина повинна отримати дві дози з інтервалом у 28 днів. Наразі, МОЗ незадоволено процесом вакцинації, адже на сьогодні щеплення від ковіду отримали всього більші 23 тисячі осіб.

Також, МОЗ оновило поділ на карантинні зони: чотири «червоних», десять «помаранчевих».